年末調整は、給与の支払を受ける人の一人一人について、毎月（日）の給料や賞与などの支払の際に源泉徴収をした税額と、その年の給与の総額について納めなければならない税額（年税額）とを比べて、その過不足を精算する手続きです。
平成28年分の年末調整にあたって留意すべき主な事項は、国外居住親族に係る扶養控除等の適用、通勤手当の非課税限度額の引き上げ、マイナンバーの記載等に関する事項です。
●国外居住親族に係る扶養控除等の適用
平成28年1月1日以後に支払われる給与等の「源泉徴収」又は「年末調整」において、国外居住親族に係る扶養控除、配偶者控除、障害者控除又は配偶者特別控除の適用を受ける場合には、親族関係書類（親族であることを証明する一定の書類）及び送金関係書類（生活費等に充てるために送金等をしたことを明らかにする一定の書類）の提出又は提示が必要となりました。
●通勤手当の非課税限度額引上げ
平成28年1月1日以後に支払われるべき通勤手当の非課税限度額が10万円から15万円に引上げられました。
しかし、4月の改正前に支払われた通勤手当については、改正前の非課税規定を適用したところで所得税及び復興特別所得税の源泉徴収が行われていますので、改正後の非課税規定を適用した場合に過誤となる税額は、本年の年末調整の際に精算する必要があります。
なお、既に支払われた通勤手当が改正前の非課税限度額以下である人については、この精算の手続きは不要です。また、退職した人など本年の年末調整の際に精算する機会のない人については、確定申告により精算することになります。
●年調関係書類に係るマイナンバーの記載
年末調整関係書類のうち、①保険料控除申告書、②配偶者特別控除申告書、③（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書については、平成28年4月1日以後に提出するものからマイナンバーの記載が不要とされています。
給与の支払者が個人の場合には、これらの申告書にマイナンバーの付記は不要ですが、法人の場合には付記が必要です。
なお、平成29年分から給与等の支払者が提供者のマイナンバー等を記載した一定の書類を備えている場合には、申告書への記載は不要とする取扱いが適用されます。
