届出額と支給額が違えば原則損金不算入
事前確定届出給与について「届出額と実際の支給額が違ったらどうなのか？」という質問をよく受けます。結論からいうと、届出どおりの支給が行われなければ、基本的には支給額の全額が損金不算入となります（未払計上は原則認められません）。
一職務執行期間中複数回支払いがある場合
一職務執行期間中に複数回の支払いがあるときは、少し取扱いが複雑になります。
次の設例で考えてみましょう。
（例）当社（3月末決算）が定時株主総会（H29.5.26）にH29.12.25及びH30.5.20に200万円ずつ支給する旨を決議し、事前確定届出給与届出書を提出している
ここで３つの支給パターンを検討します。
| 12月給与 （H30.3決算） |
5月給与 （H31.3決算） |
|
|---|---|---|
| イ | 100万円支給× | 200万円支給× |
| ロ | 200万円支給〇 | 400万円支給× |
| ハ | 200万円支給〇 | 支給なし（―） |
（〇…損金算入・×…損金不算入）
届出どおりの支給が行われているかの判定は、一職務執行期間（H29.5.26から1年）に支給が複数回にわたる場合には、「職務執行期間の全期間」を一単位として行います。
（イの場合）12月分が届出どおりに支給されなければ、職務執行期間のすべてが定めどおりに行われないことが確定するため、支給のすべてが損金不算入となります。
（ロの場合）12月分を届出どおり支給していれば、H30.3月決算時点では、損金不算入とする理由がありません。そのため、200万円を損金算入する申告が認められます。
その後5月に届出どおりの支給がなければ、前年度12月分も損金不算入となり、本来修正申告が必要となりますが、支給しなかったという事実が前年度の課税所得に影響を与えるのも変な話ですので、5月支給の400万円のみが損金不算入とされます。
（ハの場合）5月分は届け出たものの支給しなかったため、不算入とする金額もありません。申告調整も行わないことになります。
特定の役員だけが届出どおりでない場合
複数の役員について事前確定届出給与の届出をしている場合に、特定の役員のみ届出通りの支給をしなかったときは、役員全員分の給与が損金不算入の対象とならず、その届出どおりの支給をしなかった役員の給与のみが損金不算入となります。
