一口に医療法人と言っても医療法上いろいろとあり、また、国税庁長官が承認した医療法人もあります。これら医療法人は、その存立基盤が制度上異なることから、課税上も異なる取扱いがなされています。
持分の定めの有無による整理
医療法人を分類・整理する場合、社団か財団かの整理もありますが、特に、相続税・贈与税及び所得税の視点から課税関係を整理する上では、持分の定めの有無によって法人を区分した方が有益と考えます。
持分とは何か、ですが、自己の出資した法人の財産に対する権利の割合を示す概念です。持分の定めがない、ということは、法人の財産に対する権利の割合はゼロ、ということです。
持分の定めのない法人として、社会医療法人、特定医療法人（国税庁長官が承認）、そして、平成19年4月1日以後設立された医療法人、さらには、まれなケースですが持分を放棄して一般の持分の定めない医療法人に移行した法人等が挙げられます。
持分の定めのない医療法人にあっては、法人の財産に対する権利を持つ人はいませんので、相続税・贈与税、所得税といった課税上の問題は生じません。
一方、持分の定めのある医療法人ですが、平成19年4月1日前に設立された法人で上記列挙した法人以外の法人で、一般的に、経過措置型医療法人と呼ばれています。
出資者は、医療法人の財産に対する権利を持っていますので、当該持分の相続・贈与又は持分の払戻し、譲渡等といった場合には、相続税・贈与税、所得税といった課税関係を招来させます。
全所得課税か否かによる整理
法人課税では、社団や財団又は持分の定めの有無にかかわらず、原則、全所得に対して課税が行われ普通法人と変わりありません。が、社会医療法人については、公益法人として位置付けられていますので医療保険業以外の収益事業から生じた所得に対してのみ課税の対象となっています。
また、特定医療法人は、税率が軽減されているだけで全所得に対する課税であることには変わりありません。
もっとも、持分の定めのない医療法人にあっては、基準期間がない法人の消費税の納税義務の免除特例、住民税の均等割の税率、寄附金の損金不算入、交際費等の損金不算入といった局面では持分の定めのある法人と異なる課税関係になります。
